汽运公司下属共有1个分支机构（北仑汽车运输有限公司汽车出租分公司）、1个全资公司（北仑公共交通有限公司：成立于1999年，2002年改制为国有独资公司）和1个二级全资公司（北仑仑通客车修理有限公司）。均实行一套班子管理模式。
北仑公共交通有限公司公司实行董事会领导下的总经理负责制，由总经理负责公司的日常经营与管理。主要有以下职能部门：财务科（二级科室结算中心及点钞间）、党政办公室、人事劳资科、安全科、综合培训科、综稽科（二级科室投诉中心及监控室）、经营科（二级科室智能调度中心）、机务科、信息技术科、物管科、修理厂以及三个分公司。